ചട്ടങ്ങൾ കാറ്റിൽപറത്തി പുനർനിയമനം ലഭിച്ച കണ്ണൂർ വിസിക്കെന്നെ പോലെ ഗവർണ്ണറെ കോടതിയിൽ ചോദ്യം ചെയ്ത കലാമണ്ഡലം വിസിക്കും സർക്കാർ സംരക്ഷണം. സർക്കാർ നിർദേശത്തെ തുടർന്ന് ഗവർണ്ണർക്കെതിരായ കേസ് വിസി പിൻവലിച്ചെങ്കിലും ഗവർണ്ണർ ഉത്തരവിട്ട പിആർഒ നിയമനം ഇതുവരെ നടപ്പാക്കിയില്ല. കലാമണ്ഡലം വിസിക്ക് സർക്കാർ നൽകുന്ന പിന്തുണയിലെ അതൃപ്തിയും മുഖ്യമന്ത്രിക്ക് നൽകിയ കത്തിൽ ഗവർണ്ണർ ആരിഫ് മുഹമ്മദ് ഖാൻ രേഖപ്പെടുത്തി.
രാഷ്ട്രീയ പിന്തുണ കിട്ടുമെങ്കിൽ വിസിമാർക്കെന്തും ചെയ്യാമെന്നതിന്റെ തെളിവായിരുന്നു ചാൻസിലറുടെ അധികാരം ചോദ്യം ചെയ്ത് കലാമണ്ഡലം വിസി നൽകിയ കേസ്. 2019 ൽ പബ്ളിസിറ്റി ആന്റ് റിസർച്ച് ഓഫീസർ ആർ ഗോപീകൃഷ്ണനെ പുറത്താക്കിയ വിസിയുടെ നടപടി ഗവർണ്ണർ റദ്ദാക്കിയത് മുതലാണ് തർക്കങ്ങൾക്ക് തുടക്കം. നടപടിക്രമം പാലിക്കാതെയുള്ള പുറത്താക്കൽ റദ്ദാക്കി പുനർനിയമനത്തിന് ചാൻസിലര് കൂടിയായ ഗവർണ്ണർ ഉത്തരവിട്ടത് ഇക്കഴിഞ്ഞ മാർച്ചിലാണ്. എന്നാൽ ഗവർണ്ണർ ഉത്തരവിന് പിന്നാലെ സർവ്വകലാശാല നടപടിയിൽ ഇടപെടാൻ ഗവർണ്ണർക്ക് അധികാരമില്ലെന്ന് കാണിച്ച് ഹൈക്കോടതിയെ സമീപിച്ച് വിസി സ്റ്റേ നേടി.
കലാമണ്ഡലം ഡീംഡ് ടു ബി യൂണിവേഴ്സിറ്റി ആണെന്നും ചാൻസിലര് ഗവർണ്ണർ അല്ലെന്നുമായിരുന്നു വാദം.ഇതോടെ തന്റെ അധികാരമെന്താണെന്ന് ചോദിച്ച് ഗവർണ്ണർ സർക്കാരിന് കത്തെഴുതി. കലാമണ്ഡലം കല്പ്പിത സർവ്വകലാശാലയുടേയും ചാൻസിലര് ഗവർണ്ണർ തന്നെയാണെന്ന് സംസ്ഥാന സർക്കാർ ഗവർണ്ണറെ അറിയിച്ചു. കൂടാതെ വിസി നൽകിയ കേസിൽ സർക്കാർ ഗവർണ്ണറോട് ക്ഷമയും ചോദിച്ചു.
ഇതോടെ കേസ് പിൻവലിക്കാൻ സർക്കാർ വിസിയോട് ആവശ്യപ്പെട്ടു, എന്നാൽ സർക്കാർ ആവശ്യപ്പെട്ടിട്ടും കേസ് പിൻവലിച്ചത് ആറുമാസം കഴിഞ്ഞ് മാത്രം.എന്നാൽ ഇപ്പോഴും ഗവർണ്ണർ നിർദ്ദേശിച്ച നിയമനം സർവവ്വകലാശാല നടത്തിയില്ല.